Quantas proteínas mitocondriais distintas existem?

Isso depende das especies. Para um bom ponto de partida, confira MitoCarta: Um Inventário de Genes Mitocondriais de Mamíferos. Publicado pelo Broad Institute, fornece um compêndio de proteínas com forte suporte para localização mitocondrial.

Existem 1098 genes de ratinho Mitocarta e 1013 genes humanos de Mitocarta.

Aqui está a referência original, publicada na Cell: Um compêndio proteico mitocondrial elucida a bioenergia do complexo I…

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13 polipeptídeos são codificados no genoma mitocondrial.
http://www.sciencedirect.com/sci…

editar: isso é apenas mtDNA (ou seja, na mitocôndria), mas a maioria das proteínas mitocondriais estão no DNA nuclear.

edit 2: Parece ser 1254 proteínas mitocondriais: http://www.nature.com/srep/2013/…